Biljni svet u Republici Makedoniji predstavlja oko 210 biljnih porodica sa 920 rodova te oko 3.700 biljnih vrsta. Najrasprostranjenija je grupa cvetnica sa oko 3.200 vrsta, koje slede mahovine sa 350 vrsta te paprati sa 42 vrste.
Nacionalni park Pelister kod Bitolja je poznat po prisustvu endemskog makedonskog bora, kao i drugih 88 vrsta biljaka koje predstavljaju gotovo 30% makedonske dendroflore. Šume makedonskog bora na Pelisteru se mogu podeliti na dve zajednice: šume bora sa papratima i šume sa čempresima. Makedonski bor, jedna posebna vrsta četinarskog drveta, je relikt tercijarnog biljnog sveta, a bor molika sa pet iglica prvi put je pronađen i opisan na Pelisteru 1893. godine.
U makedonskim šumama takođe raste i makedonski hrast, tužne vrbe, bele vrbe, topole, brestovi i druge vrste drveća. Na bogatim pašnjacima i livadama Šar-planine, Mavrova i Bistre raste još jedna biljka karakteristična za Republiku Makedoniju — mak. Kvalitet gustog soka maka se u svetu meri jedinicama morfina. Dok kineski opijum imaju osam tih jedinica i smatra se visokokvalitetan, indijski opijum sadrži sedam, a turski opijum samo šest, makedonski opijum sadrži punih 14 jedinica morfina i jedan je od najkvalitetnijih vrsta opijuma na svetu.
Nacionalni park Pelister kod Bitolja je poznat po prisustvu endemskog makedonskog bora, kao i drugih 88 vrsta biljaka koje predstavljaju gotovo 30% makedonske dendroflore. Šume makedonskog bora na Pelisteru se mogu podeliti na dve zajednice: šume bora sa papratima i šume sa čempresima. Makedonski bor, jedna posebna vrsta četinarskog drveta, je relikt tercijarnog biljnog sveta, a bor molika sa pet iglica prvi put je pronađen i opisan na Pelisteru 1893. godine.
U makedonskim šumama takođe raste i makedonski hrast, tužne vrbe, bele vrbe, topole, brestovi i druge vrste drveća. Na bogatim pašnjacima i livadama Šar-planine, Mavrova i Bistre raste još jedna biljka karakteristična za Republiku Makedoniju — mak. Kvalitet gustog soka maka se u svetu meri jedinicama morfina. Dok kineski opijum imaju osam tih jedinica i smatra se visokokvalitetan, indijski opijum sadrži sedam, a turski opijum samo šest, makedonski opijum sadrži punih 14 jedinica morfina i jedan je od najkvalitetnijih vrsta opijuma na svetu.
Životinjski svet Republike Makedonije je veoma bogat i uključuje vukove, medvede, lisice, jelene, veverice, divlje svinje i divokoze. Vrlo retko može se pronaći i ris u planinama zapadne dela zemlje, dok jelena ima u području Demir Kapije. Tri velika jezera u zemlji predstavljaju odvojene životinjske zone, što je naznaka dugotrajne teritorijalne i vremenske izolacije. Životinjski svet Ohridskog jezera je ostatak ranije ere, a poznato je po svojim ribama, između ostalih Ohridskoj pastrmci, krkuši, pižorima i drugim. Takođe, ovo jezero je poznato i po određenim vrstama puževa, čije je poreklo datirano na 30 miliona godina. Slične vrste se mogu naći još samo u Bajkalskom jezeru. Ohridsko jezero je u zoološkim studijama poznato i po jegulji i njenom čudesnom ciklusu razmnožavanja. Ona dolazi u Ohridsko jezero iz dalekog Sargaškog mora, te u Ohridskom jezeru ostaje u dubinama 10-tak godina. Kada polno sazri, neobjašnjivim instinktom jegulja u jesen polazi nazad na mesto svog rođenja. Tamo polaže jaja i umire, da bi njeni potomci ponovili ciklus.